Alteraciones significativas en la microbiota intestinal de individuos con trastorno del espectro autista parecen influir en el sistema inmunológico, activándolo. Esto puede afectar negativamente a la funcionalidad intestinal y a la salud en general y se ha relacionado con trastornos gastrointestinales y metabólicos, así como con enfermedades autoinmunes y condiciones neurológicas como la ansiedad, la depresión y el trastorno del espectro autista (TEA).